FBI được tổ chức thành năm nhánh dựa vào chức năng và Văn phòng Giám đốc bao gồm nhiều văn phòng hành chính đi kèm. Đứng đầu mỗi nhánh là Trợ lý Điều hành Giám đốc, mỗi phòng và đơn vị sẽ do Trợ lý Giám đốc điều hành.

• Văn phòng Giám đốc (Office of the Director)
  • Phòng Quốc vụ (Office of Congressional Affairs)
  • Phòng Tuyển dụng (Office of Equal Employment Opportunity Affairs)
  • Phòng Pháp lý (Office of the General Counsel)
  • Phòng các vấn đề Liêm chính và Tuân thủ quy định (Office of Integrity and Compliance)
  • Phòng Thanh tra (Office of the Ombudsman)
  • Phòng Trách nhiệm Nghề nghiệp (Office of Professional Responsibility)
  • Phòng Công vụ (Office of Public Affairs)
  • Đơn vị Thanh tra (Inspection Division)
  • Đơn vị Hậu cần và Tiện nghi (Facilities and Logistics Services Division)
  • Đơn vị Tài chính (Finance Division)
  • Đơn vị Quản lý Dữ liệu (Records Management Division)
  • Phòng Kế hoạch Nguồn lực (Resource Planning Office)
  • Đơn vị An ninh (Security Division)
• Chi nhánh An ninh Quốc gia (National Security Branch)
  • Đơn vị chống điệp báo (Counterintelligence Division)
  • Đơn vị Chống Khủng bố (Counterterrorism Division)
  • Ban giám sát Tình báo (Directorate of Intelligence)
  • Ban giám sát Vũ khí hủy diệt hàng loạt (Weapons of Mass Destruction Directorate)
• Chi nhánh về Tội phạm, Công nghệ, Phản ứng nhanh và Dịch vụ (Criminal, Cyber, Response, and Services Branch)
  • Đơn vị Điều tra Tội phạm (Criminal Investigative Division)
  • Đơn vị Mạng máy tính (Cyber Division (Giám đốc: Gordon M Snow))
  • Đội Phản ứng các tình huống khẩn cấp (Critical Incident Response Group)
  • Phòng Chiến dịch Quốc tế (Office of International Operations (Giám đốc: Joseph M. Demarest))
  • Phòng Hợp tác Nội địa (Office of Law Enforcement Coordination)
• Chí nhánh Nguồn nhân lực (Human Resources Branch)
  • Đơn vị Huấn luyện (Training Division)
  • Đơn vị Nguồn nhân lực (Human Resources Division)
• Chi nhánh Công nghệ và Khoa học (Science and Technology Branch)
  • Đơn vị Thông tin tội phạm Tư pháp (Criminal Justice Information Services Division)
  • Đơn vị Phòng thí nghiệm (Laboratory Division)
  • Đơn vị Chiến dịch Công nghệ (Operational Technology Division)
  • Phòng Ứng dụng và Công nghệ đặc biệt (Special Technologies and Applications Office)
• Chi nhánh Công nghệ Thông tin (Information and Technology Branch)
  • Đơn vị Chiến dịch Công nghệ Thông tin (Information Technology Operations Division)
  • Phòng Kế hoạch và Chính sách Công nghệ Thông tin (Office of IT Policy & Planning)
  • Phòng Quản lý Chương trình Công nghệ Thông tin (Office of IT Program Management)
  • Phòng Phát triển Công nghệ Thông tin (Office of IT Systems Development)
  • Phòng Kiến thức (Office of the Chief Knowledge Officer)

Danh sách cấu trúc cấp hàm trong FBI:[25]

• Đặc vụ Tập sự
• Đặc vụ
• Đặc vụ Thâm niên
• Giám sát viên
• Trợ lý Toàn quyền (ASAC)
• Đặc vụ Toàn quyền (SAC)
• Trợ lý Giám đốc
• Phó Trợ lý Điều hành
• Trợ lý Điều hành
• Phó Trưởng Tham mưu
• Trưởng Tham mưu và Tư vấn Luật của Giám đốc
• Trợ lý Phó Giám đốc
• Phó Giám đốc
• Giám đốc Cục Điều tra Liên bang Hoa Kỳ